Con motivo de los 50 años de constituida la Fundación, a partir del año 2008 y hasta el año 2018, la Fundación otorgó un premio con carácter rotativo para las disciplinas socioeconómicas, históricas y jurídicas. Distinguiendo a las personas naturales que hubieran destacado en el desarrollo de su actividad profesional, intelectual y cultural, en el campo que corresponda y sobre la base de la evaluación de sus méritos concretados durante los tres años previos.
Las personas que han sido distinguidas con este reconocimiento son:
• Ganador del Premio 2008, en el área socioeconómica, el ingeniero Felipe Ortiz de Zevallos.
• Ganador del Premio 2009, en el área jurídica, el doctor Alfredo Bullard González.
• Ganador del Premio 2010, en el área de historia, el doctor Marcos Cueto Caballero
• Ganador del Premio 2011, en el área socioeconómica, el doctor Julio Velarde Flores.
• Ganador del Premio 2012, en el área jurídica, el doctor Carlos Ramos Núñez.
• Ganadora del Premio 2013, en el área de historia, la doctora Scarlett O’Phelan Godoy.
• Ganador del Premio 2014, en el área socioeconómica, el doctor Richard Webb Duarte.
• Ganador del Premio 2015, en el área jurídica, el doctor José Luis Sardón.
• Ganador del Premio 2016, en el área de historia, al doctor Ramón Mújica Pinilla.
• Ganador del Premio 2017, en el área socioeconómica, el doctor Roberto Abusada Salah.
• Ganador del Premio 2018, en el área jurídica, el doctor Augusto Ferrero Costa.
El año 2021, celebrando el bicentenario de la República del Perú, la Fundación otorgó el Premio Bicentenario a la arqueóloga Ruth Shady Solis, al doctor Julio Velarde Flores y al doctor Fernando de Trazegnies Granda en las áreas de historia, economía y jurídica, respectivamente.
La estatuilla entregada a los ganadores del Premio Fundación Manuel J. Bustamante de la Fuente fue creada por Fernando de Szyszlo, emblemático artista peruano y amigo de la Fundación.